新疆甘家湖自然保护区种子植物共有42科137属233种,植物区系组成中最大科是藜科(24属69种),该科也正是新疆盐生植物区系最大的科;本研究区盐生植物有69属99种,占总属及种数的50.4%、42.5%;除世界分布科外,温带分布科和热带至温带分布科占第一位,各均含10种;属的地理成分中以地中海区、西亚至中亚分布型(含变型)占优势, 有45属,占总属数的39.8%;种的区系以温带成分(53.1%)和古地中海成分(42.4%)占绝对优势,中亚分布型(27.0%)、温带亚洲分布型(25.7%)、旧世界温带分布型(21.6%)比重明显大。区系基本特征表现为:优势科现象明显,单种属和少种属占据比率很高;地理成分优势性显著,来源较广泛,有一定古老成分,特有程度极低,具极为明显的盐生性质和温带干旱区荒漠性质;区系中包含国家级和省级重点保护珍稀濒危植物11种和被认为"新疆可能已消失的物种"中的3个种,都具有极其重要的保护价值。